未知の惑星は遭難者だらけ…。ピクミンと一緒にレスキューせよ！「ピクミン」シリーズ最新作が、Nintendo Switchに登場。
未知の惑星に墜落してしまった「キャプテン・オリマー」。オリマーからの救難信号を受け、救助に向かった「レスキュー隊」もまた遭難してしまいます。
最後の希望は、本部に待機していた新米レスキュー隊員の「あなた」だけ。
「あなた」が降り立ったのは、危険な原生生物が多く生息する謎の惑星。そこで出会ったふしぎな生き物「ピクミン」の力を借りて探索していきます。